Inicjatywa utworzenia Muzeum Historii Żydów Polskich narodziła się  natomiast w latach 90. w Stowarzyszeniu Żydowski Instytut Historyczny i stopniowo zyskała uznanie zarówno w Polsce, jak i za granicą. Dzięki wsparciu indywidualnych oraz instytucjonalnych darczyńców z całego świata w 1995 r. możliwe było rozpoczęcie prac nad projektem muzeum i kontynuowanie ich – jako inicjatywy społecznej – aż do roku 2005 r., gdy oficjalnie powołano do życia muzeum, jako pierwszą w Polsce publiczno-prywatną instytucję, którą tworzą wspólnie rząd, samorząd lokalny i organizacja pozarządowa. 

Plac, przy którym stoi dziś Muzeum, pierwotnie - zgodnie z założeniami projektantów Muranowa - miał nazywać się Placem Młodzieży. Jeszcze w latach 50. planowano zostawić częściowo wypalony budynek dawnych Koszar Artylerii Koronnej, który Niemcy wykorzystywali jako więzienie zwane Gęsiówką, i urządzić w nim Muzeum Walki z Faszyzmem, potem inne muzeum martyrologiczne (ostatecznie urządzono je w ruinach Pawiaka i odstąpiono od tego pomysłu, zaś zdewastowany budynek straszył  pośrodku skweru do lat 60., kiedy go rozebrano). Obok planowanego Muzeum miała stanąć rotunda, mieszcząca Dom Młodzieży (na szkicach projektów przypomina trochę główny budynek Sejmu w miniaturze), a vis-a-vis niej: wieża. W parterowych budyneczkach ozdobionych podcieniami a la krakowskie Sukiennice architekt Bohdan Lachert, twórca projektu Muranowa Południowego, chciał umieścić "rzemieślnicze punkty usługowe"... Wizja nie doczekała się jednak realizacji.